iPhoneで、PDFファイルを本体に保存する方法。これは簡単です。

まず普通に、ダウンロードページから、PDFファイルのリンクをタップして開きます。

そして、画面右上の”iBooks”で開く、というところをタップするだけです。

もしもこのメニューが全く出ないなら、iBooksがインストールされていないのかもしれません。 App Storeから無料でインストールできます。
あと、一瞬でたけど消えちゃったという場合は、画面をスクロールしたり、色々いじってみてください。また出てきますので。